医書ジェーピーのロゴは、医学発展の契機となった杉田玄白らによって翻訳・刊行された『解体新書』（安永三年[1774年]）の扉から着想、金文字と篆書体の雰囲気を現代風に解釈した。

（国立国会図書館蔵）

医書ジェーピーでは、雑誌・書籍の幅広い電子情報を一つのプラットフォームから配信することを目指しており、各電子情報の相互リンクについて注力していく。
リンク（「連結する」「繋がる」の意）を形にした「○」で「医」を囲むことでわれわれの事業展開を表現したロゴが生まれた。